在中国历史的长河中，明清时期是一个经济文化迅速发展的阶段，尤其是江南地区，这里不仅有发达的农业和手工业，还有着繁荣的商业和市镇经济。明清江南市镇遗址的考古调查，为我们提供了探究这一时期经济形态和社会结构的重要窗口。

首先，我们必须明确资本主义萌芽的概念。资本主义萌芽是指在封建社会晚期出现的，与封建生产方式不同的新的生产关系和经济形态，它主要体现在手工业和商业领域，表现为雇佣劳动、商品生产和资本积累等现象。

考古调查作为一种科学研究方法，通过对遗址的挖掘和研究，可以揭示古代社会的生产力水平、社会结构和经济形态。明清江南市镇遗址的考古调查，能够为我们提供这一时期市镇的布局、建筑风格、商业活动和手工业生产等方面的信息。通过对这些遗址的深入研究，我们或许能够发现资本主义萌芽的迹象。

例如，考古学家通过发掘市镇遗址中的商业街区、手工作坊和仓库等遗迹，可以了解当时的商品流通、手工业生产规模和商品种类。如果在这些遗址中发现了大规模的手工作坊、大量的商品储存和远距离的贸易网络，这些都可以视为资本主义萌芽的迹象。

此外，通过对市镇遗址中货币流通、土地买卖、商业合同等历史文献的研究，我们也可以发现资本主义生产关系的一些特点。例如，如果发现大量的货币地租、商人的资本投资记录和雇佣劳动的合同，这些都可能表明资本主义生产关系已经开始在江南市镇中出现。

然而，这一研究方向是否值得深入探讨，还需从多个角度进行考虑。一方面，资本主义萌芽是一个复杂的经济现象，它不仅仅体现在物质遗存上，还涉及到社会结构、文化观念和政治制度等多个方面。因此，单纯依靠考古调查来揭示资本主义萌芽的迹象，可能存在一定的局限性。

另一方面，明清时期的江南市镇虽然出现了资本主义萌芽的一些特征，但这些特征是否足以表明资本主义生产方式的形成，还需要结合更多的历史资料和社会背景进行综合分析。因此，考古调查应当与其他学科的研究方法相结合，如历史文献学、社会学、经济学等，共同探讨明清江南市镇的经济形态和社会结构。

总之，明清江南市镇遗址的考古调查对于揭示资本主义萌芽的迹象具有重要意义，但这一研究方向需要与其他学科的研究方法相结合，并从更广阔的历史和社会背景出发，进行深入的探讨和分析。通过这样的跨学科研究，我们才能更全面地理解中国历史上的资本主义萌芽现象，以及它在世界经济史中的地位和作用。