在晚清时期，曾国藩作为一位杰出的政治家和军事家，他的理学思想对于他所创建的湘军的组织和发展产生了深远的影响。曾国藩是一位坚定的儒家信徒，他深受程朱理学的熏陶，强调修身齐家治国平天下，这在他的治军方略中得到了充分的体现。

首先，曾国藩通过将儒家的伦理道德融入到军队建设中来提高士兵们的素质。他认为“兵者，国民之大事也”，强调了军人应该具备高尚的品德修养。因此，他在招募士兵时不仅仅看重体格强健，更注重其品行端正。此外，他还提倡士兵们学习《孝经》等经典著作，以培养他们的忠孝节义精神。这种做法不仅提高了士兵的文化素养，而且增强了他们对国家的忠诚和对上级的服从。

其次，曾国藩重视将领的选拔和管理。他认为将领不仅要勇敢善战，更要懂得为人处世之道。因此，他对将领的要求非常严格，要求他们以身作则，严于律己，同时也要关心下属的生活和训练。在这样的理念指导下，湘军形成了一个相对稳定的领导层，他们在战争中表现出色，为最终击败太平天国做出了重要贡献。

再者，曾国藩倡导的理学思想还体现在他对战争的看法上。他认为战争是不得已而为之的手段，应当以仁爱之心对待百姓。因此在作战过程中，他严禁部下烧杀抢掠，保护地方居民的生命财产安全。这样的政策赢得了广大民众的支持与信任，从而为湘军提供了良好的社会基础和补给条件。

最后，曾国藩的理学思想对湘军的制度建设也有所影响。他曾提出“练兵必先立制”的观点，主张建立一套完善的规章制度来规范军队的行动。这套制度包括了从招募、训练、装备到后勤保障等多个方面，使得湘军成为一个纪律严明、战斗力强的武装力量。

综上所述，曾国藩以其深厚的理学底蕴为基础，成功地将儒家文化融入到了湘军的方方面面，从而塑造了一支具有高度凝聚力和战斗力的部队。这支队伍在镇压太平天国的斗争中发挥了关键作用，同时也对中国近代军事改革产生了一定的推动力。可以说，曾国藩不仅是当时最优秀的将领之一，也是中国历史上少有的文武双全的人物。