重庆谈判是中国近代史上的重要事件之一，它发生在1945年抗日战争胜利后不久，旨在解决国共两党的政治分歧，并为未来的和平建国奠定基础。然而，这场谈判并非一帆风顺，其中涉及了诸多复杂的问题和深刻的意识形态差异。

在重庆谈判期间，国共双方的主要分歧和斗争焦点集中在以下几个方面：

首先，政权架构问题。国民党希望维持现有的中央集权体制，认为这是维护国家统一和稳定的必要条件。而共产党则主张建立一种更为民主的联合政府，即“新民主主义”制度，这种制度下各个党派可以平等竞争权力，并通过协商达成共识。

其次，军队改编问题。国民党坚持要求共产党将其领导的武装力量纳入国民政府的军事体系中，接受统一的指挥和管理。但共产党认为自己的军队是人民的子弟兵，应该保持相对独立性，以便在未来可能发生的反动势力复辟时能起到保护人民的作用。

再者，边区政府管理问题。在抗战时期，许多地区成立了由共产党领导的地方政府，这些地方政府在抵抗侵略者方面发挥了重要作用。国民党要求取消或改组这些地方政府的权力，将所有行政权力集中到中央政府手中。而共产党则希望能够保留一些地方的自治权利，以确保当地民众的基本权益得到保障。

此外，还有土地改革问题。共产党一直致力于推动农村的土地革命运动，希望通过平均地权来改善农民的生活状况。国民党虽然也承认土地改革的必要性，但在具体实施上与共产党的立场存在较大差距。

最后，宪法原则问题。国共两党对于未来国家的根本大法——宪法的原则有着截然不同的看法。国民党倾向于制定一部偏向于精英统治的宪法；而共产党则更关注普通百姓的权利和利益，希望在宪法中体现更多的人民性和民主性。

综上所述，重庆谈判期间的国共双方主要分歧和斗争焦点涵盖了政权结构、军队编制、边区治理、土地改革以及宪法原则等多个领域。这些问题反映了当时中国社会不同阶层和政治势力的深刻矛盾和利益冲突。尽管最终签署了《双十协定》（又称《会谈纪要》），但由于种种原因，该协议并未真正落实，反而为后来的国共内战埋下了伏笔。